一是农业建设用地指标稀缺。农业规划仍缺乏刚性，相关工业用地尚未纳入城镇总规或新城规划或乡村单元(村)规划，工业用地具体操作路径尚不明确。在休闲农业发展上，受到全市建设用地指标总量控制的限制。在现有政策中，每年有5%的建设用地用于支持工业发展，但很难用在农业发展领域。主要原因是农村工业发展用地直接经济效益低，各区供地积极性不高，农村规划引导性不足。
二是农业设施供给不足，管理弹性不足。一方面，农业产业的发展需要仓库、场地和管理用房等。另一方面，种植模式的创新发展和智能化设施设备的广泛应用也需要硬化部分土地，但设施农业用地供给相对不足。以花卉生产为例，上海的花卉产业前景光明，现代花卉生产需要硬化土地。但现有农地政策不准硬，设施农地备案指标有限，严重制约了花卉产业的蓬勃发展。
三是高标准生产基地建设缺乏积极性。土地出让合同签订后，高标准生产基地建设相关土地政策不稳定，相应配套政策和约束机制不到位，给经营者投资生产带来风险，导致普遍缺乏签订长期出让合同的意愿，也影响了新的高标准生产基地建设的投资。
