从全市来看，对农业环境保护的认识和农业污染源的识别存在严重的认知误区，阻碍了农业产业的正常、有序、可持续发展。
在水产养殖领域，由于认识上的误区，畜禽养殖和水产养殖在环保方面经常被“诟病”。往往简单的把水产养殖当成污染源，取缔、关停、禁止、限制。一定程度上导致畜禽养殖加速退出，水产养殖也是如此。简单地把养殖业归为“污染源”是不科学的，更不可取的是搞“一刀切”。合理规划养殖业空间布局，科学利用畜禽粪便制成的有机肥，既不会造成环境问题，又能变废为宝，成为农业循环发展、绿色发展的重要支撑。养殖业的“伤害”也影响种植业生态循环的发展和土壤肥力的提高。
在种植领域，随着近年来化肥农药的减少，根据耕地质量调查结果，全市耕地生产力稳步提高，土壤重金属污染风险较小。但就上海绿色农业发展目标而言，耕地质量总体状况仍有待改变，绿色防控技术有待提高，农民以地养地意识普遍缺乏，农业面源污染问题不容忽视，仍过度依赖化学农药和化肥。土壤酸化趋势明显，设施土壤次生盐渍化严重，耕层浅、板结现象突出。所以，持续推进减肥药工作，任重而道远。农业环境保护问题从根本上需要借助现代技术，通过科学、合理、到位的约束机制来解决。从促进可持续发展的角度来看，简单采取禁止、报废等做法是不可取的。
